Національний заповідник «Глухів» утворений і функціонує відповідно до постанови КМУ від 8 лютого 1994 р. № 80 «Про Державний історико-культурний заповідник у м.Глухові Сумської області» та постанови КМУ від 2 жовтня 1998 р.
№ 1576 на базі пам’яток архітектури, історії та культури м.Глухова. Розпорядженням КМУ від 26 квітня 2007 р. № 233 «Про віднесення до сфери управління Міністерства регіонального розвитку та будівництва підприємств, установ та організацій» заповідник віднесений до сфери управління Мінрегіонбуду України. Відповідно до Указу Президента України від 10 листопада 2008 р. № 1027/2008 заклад отримав статус національного. Розпорядженням міського голови від 18.08.2009 р. колектив НЗ «Глухів» внесено до Книги Пошани Глухівської міської ради.
Заповідник охоплює територію 75 га центральної історичної частини та ділянки природного ландшафту м.Глухова. Він здійснює нагляд за 50 об’єктами культурної спадщини, розташованими на його території та в охоронних зонах, 37 з яких є пам’ятками історії, архітектури та містобудування, археології. 7 пам’яток («Миколаївська церква» (1693-1695), «Київська брама Глухівської фортеці» (1766-1769), «Спасо-Преображенська церква» (1765), «Трьох-Анастасіївська церква» (1893), «Глухівський учительський інститут» (1874-1879), «Глухівська чоловіча гімназія» (1880-ті), «Пансіон Глухівської чоловічої гімназії» (1880-1892) занесені до Державного реєстру нерухомих пам’яток як пам’ятки національного значення, 30 пам’яток – місцевого значення.
На балансі заповідника знаходиться 5 пам’яток архітектури: «Дворянське зібрання» (1811), «Будинок П.Лютого» (кін. ХІХ ст.), «Банк М.Терещенка» (кін ХІХ ст.), «Київська брама Глухівської фортеці» (1766-1769), «Садибний будинок Кочубеїв» (1904). До його складу входить музей археології, створений у 2008 р.
У структурі заповідника 5 відділів з 27 штатних одиниць: 7 чол. – керівний персонал, 8 – спеціалісти в галузі заповідників, 5 – спеціалісти загальних професій, 7 – інший персонал. Мають вищу освіту 21 чол., займаються науковою та просвітницькою діяльністю 11 чол.
Основними напрямками діяльності заповідника є здійснення заходів з охорони і збереження об’єктів культурної спадщини, забезпечення належного використання пам’яток містобудування і архітектури, реставрація пам’яток, регенерація архітектурного середовища, проведення науково-дослідної, науково-методичної, інформаційної, культурно-просвітницької роботи.